Rastreamento do vírus SARS-CoV-2 em efluentes usando a Biologia Molecular

Em Marselha, a Marine-Fire Brigade rastreado o vírus SARS-CoV-2 em efluentes desde o Verão de 2020, utilizando o sistema BioFire^® FilmArray^®, da bioMérieux e uma técnica desenvolvida pelo nosso departamento de microbiologia industrial. A monitoramento avançado pode ser utilizado para prever o aparecimento de um cluster com cinco a seis dias de antecedência e para mapear surtos com precisão.
"A busca por agentes patogênicos como o SARS-CoV-2 é uma parte das nossas competências biológicas", ressalta o Contra-Almirante Patrick Augier, Comandante do Batalhão de Bombeiros da Marinha de Marselha (BMPM). "Assim que a crise sanitária começou, adquirimos sistemas de detecção portáteis para detectar o vírus no ambiente, inicialmente em superfícies em locais públicos, em escolas e em abrigos da cidade; surgiu então a ideia de detectá-lo em efluentes". O BMPM foi o primeiro serviço público da França a ser equipado com painéis de teste FilmArray^®, inclusive um FilmArray^® Torch, em Abril de 2020.

Este equipamento permitiu analisar facilmente os efluentes de abrigos, e em vários locais das redes de esgoto da cidade, ainda em junho do mesmo ano. “Observamos que, nestes locais, a excreção do vírus no esgoto precedeu o surgimento de novos casos em alguns poucos dias. Validamos rapidamente o sistema da bioMérieux para podermos ter previsão do aparecimento destes clusters”. 
A análise dos dados permitiu então mapear a presença do vírus na cidade, e implantar uma resposta operacional rápida, com testes de superfícies e de rastreamento, nas instalações de onde vinha a contaminação. Os resultados deste trabalho, realizado com BioFire^®FilmArray^®, foram publicados na revista científica Frontiers in Microbiology em maio de 2021, validando assim o monitoramento epidemiológico de efluentes como um novo indicador na resposta integrada contra a disseminação da epidemia de Covid-19.

Infelizmente, durante o mês de setembro de 2020, os investigadores ficaram sem kits de teste utilizados para a detecção da SARS-CoV-2 em efluentes, pois eles foram direcionados principalmente aos pacientes. Frente a escassez, o BMPM recorreu uma vez mais à bioMérieux. “Tínhamos de encontrar uma alternativa inovadora. Pensamos imediatamente que a nossa experiência na extração e detecção de vírus de origem alimentar em matrizes complexas poderia ser bem aproveitada", disse atrice Chablain, Diretor de Pesquisa e Desenvolvimento (P&D), Food. A equipe de P&D Food, então viajou imediatamente de Grenoble para Marselha. No espaço de apenas um mês, a equipe da bioMérieux e o BMPM desenvolveram em conjunto um novo sistema, combinando a extração e purificação do genoma do vírus usados na indústria (graças à linha Nuclisens^® do extrator industrial Gene-Up^®) com a amplificação por PCR destinada ao diagnóstico clínico (teste Argene SARS-CoV-2 no termociclador GENE-UP^®).

“Não seguimos o processo normal de desenvolvimento do projeto, sendo que nosso objetivo era responder o mais rapidamente possível ao pedido dos Bombeiros da Marinha!", recorda Patrice Chablain. Vencemos o desafio; os resultados são tão bons como com o sistema FilmArray^®. “Já em novembro, utilizamos esta abordagem para mapear os surtos, que agora se espalharam por toda a região. Monitoramos agora 120 abrigos por semana, bem como institutos dedicados a pessoas com deficiência e outras unidades sensíveis", , explica o Contra-Almirante Augier. As equipes do BMPM utilizam diariamente sistemas inovadores. Embora ainda não tenha sido emitida nenhuma norma nacional para a análise de efluentes, a partir de outubro de 2021, uma recomendação europeia tornará esta análise obrigatória para todos os estados membros.

Equipados com o sistema GENE-UP^®, os bombeiros da Marinha continuam também a utilizar a linha Biofire^® FilmArray^®. “As duas abordagens se complementam. O Biofire^® FilmArray^® é mais portátil e dá resultados muito rápidos, por exemplo, quando temos de analisar amostras em navios de cruzeiro que entram no porto de Marselha. Também temos contatos para realizar análises em voos de longa duração. Por outro lado, utilizamos a solução industrial para tudo o que vem de forma programada e em grande escala, o que torna possível testar um maior número de amostras a um custo mais baixo", conclui o Contra-Almirante Augier. A linha Biofire^® FilmArray^® também é mantida para o monitoramento de esgoto urbano, porque o seu amplo painel permite a detecção de outros agentes patogênicos, além do SARS-CoV-2.

Quanto à solução industrial GENE-UP^®, os bombeiros da Marinha estão fazendo o necessário, em parceria com a bioMérieux, para a viabilizar comercialização "off label*". Os primeiros beneficiários desta oferta serão os membros da rede COMETE (COvid-19 Marseille Environment Testing and Expertise), uma rede de empresas e laboratórios que trabalham em conjunto na luta contra a COVID-19.

*Utilizar num contexto que não corresponda àquele explicitamente declarado nas informações reconhecidas pelas autoridades de registro do país.

Fotografias cortesia de  Batalhão de Bombeiros da Marinha (BMPM)